सीबीआई के मुताबिक अप्रैल 2012 में मुखर्जी उसके तत्कालीन ड्राइवर श्यामवर राय और पूर्व पति संजीव खन्ना ने चलती कार में कथित रूप से बोरा (24) की गला घोंटकर हत्या कर दी थी। उसका शव पड़ोसी रायगढ़ जिले के एक जंगल में कथित तौर पर जला दिया गया था। बोरा पिछले रिश्ते से मुखर्जी की बेटी थी। राय को एक अन्य मामले में गिरफ्तार किए जाने के बाद 2015 में कथित हत्या का मामला सामने आया था। कथित तौर पर साजिश का हिस्सा होने के मामले में इंद्राणी मुखर्जी के पति एवं पूर्व मीडिया बैरन पीटर मुखर्जी को भी गिरफ्तार किया गया था।